โบรูโตะ: ทู บลู วอร์เท็กซ์ คือภาคต่ออย่างเป็นทางการของจักรวาลนินจาหลังจากการกระโดดข้ามเวลา (Time Skip) 3 ปีเต็ม! เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นหลังจากเหตุการณ์สุดช็อกที่ 'เอดะ' ใช้พลังแห่งโอตสึสึกิสะกดจิตเปลี่ยนความทรงจำของคนทั่วโลก ทำให้ทุกคนเชื่อว่า 'โบรูโตะ' คือผู้ที่สังหารนารูโตะและฮินาตะ และเป็นอาชญากรตัวฉกาจของหมู่บ้านโคโนฮะ

ในขณะที่โบรูโตะต้องกลายเป็นนินจาพเนจรที่ถูกไล่ล่า เขาได้ฝึกฝนอย่างหนักร่วมกับซาสึเกะเพื่อเตรียมรับมือกับภัยคุกคามที่แท้จริงอย่าง 'โค้ด' ศัตรูที่เหลือรอดจากกลุ่มคารา ส่วน 'คาวากิ' ได้รับการยอมรับให้เป็นลูกชายแท้ ๆ ของโฮคาเงะรุ่นที่ 7 ซึ่งเป็นการสลับบทบาทที่ทำให้โลกนินจาต้องเผชิญกับความวุ่นวายที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน

โบรูโตะกลับมาอีกครั้งในชุดที่ดูเป็นผู้ใหญ่และมาพร้อมดาบของซาสึเกะ นี่คือการประกาศจุดยืนถึงความมุ่งมั่นที่จะทวงคืนทุกอย่างที่เป็นของเขา เขากลับมาพร้อมพลังเหนือจินตนาการ และพร้อมเผชิญหน้ากับชะตากรรมอันโหดร้าย

ติดตามการผจญภัยครั้งใหม่ของนินจาที่ถูกตราหน้าว่าเป็นผู้ทรยศ เขาต้องต่อสู้เพื่อล้มล้างคำสาป ทวงคืนความยุติธรรม และปกป้องโลกนินจาจากพลังมืดที่คุกคามอยู่เบื้องหลัง!